La Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco fue creada por la ley 22.173 del 25 de febrero de l980, por la que se unificaron la Universidad de la Patagonia San Juan Bosco, autorizada por Decreto Nº 2850 del año 1963, y la Universidad Nacional de la Patagonia, creada por ley Nº 20296 del año 1974.

La Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco ratifica -a través de su estatuto aprobado el 2 de febrero de 2000- las funciones de la institución de estudios superiores, estableciendo como misión específica " ... crear, preservar y transmitir la cultura universal, reconoce la libertad de enseñar, aprender e investigar y promueve a la formación plenaria del hombre como sujeto y destinatario de la cultura. En tal sentido organiza e imparte la enseñanza científica, humanista, profesional, artística y técnica; contribuye a la coordinación de los ciclos preuniversitarios y superior, para la unidad del proceso educativo, estimula las investigaciones, el conocimiento de las riquezas nacionales y los sistemas para utilizarlas y preservarlas y proyecta su acción y los servicios de extensión universitaria hacia todos los sectores populares."

La Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco, a través de su Estatuto aprobado por Ordenanza A.U.Nº 005, de fecha 24 de agosto del 2000, ratifica su función específica de crear preservar y transmitir. Define a la enseñanza universitaria con carácter y contenido ético, cultural, social, científico y profesional. Para la Institución, la enseñanza debe ser activa, objetiva y general en el sentido de universal. Establece además que el carácter cultural de la enseñanza profesional y científica implica ... la exigencia del conocimiento de los problemas fundamentales del saber y de la realidad social contemporánea. Garantiza la libertad de aprender al establecer que tendrán libre acceso a los centros de enseñanza de acuerdo con las reglamentaciones que se dicten- los estudiantes, graduados y personas que deseen adquirir conocimientos.

Las investigaciones adquieren un lugar destacado dentro de los objetivos institucionales a través de la promoción de trabajos de investigación que realicen los miembros de su personal docente, graduados, estudiantes y terceros y el intercambio con otras universidades, centros científicos y culturales del país y del extranjero.

Deben mencionarse, como antecedentes de los estudios universitarios en la región, iniciativas como la fundación por un grupo de vecinos en 1943, de la Universidad Popular de la Patagonia, que funcionó hasta 1950 impartiendo enseñanza técnica y de especialización.

También, ya en 1947 se creó el Instituto Superior de Estudios Patagónicos, que cumplió una misión positiva de investigación con publicaciones sobre historia patagónica.

En Setiembre de 1949, la Cámara de Senadores aprobó el proyecto de creación de la Universidad Nacional de la Patagonia, con Sede en Comodoro Rivadavia y Facultades en Trelew, Esquel y Río Gallegos, pero la iniciativa no prosperó en la Cámara de Diputados.

Recién en mayo de 1959 se puso en marcha en Comodoro Rivadavia elInstituto Universitario de la Patagonia, que tenía como fines: "crear y transmitir cultura en su grado superior, formando universitarios de conciencia nacional y cultura humanística."

Se organizó con un Consejo, el Rector y las Escuelas de Ciencias y Humanidades. Uno de los móviles fundamentales en la creación del Instituto fue el frenar el éxodo de los jóvenes a otras zonas del país, más tentadoras por su clima o su cultura, y evitar así el desencuentro definitivo con la realidad patagónica.

La experiencia indicaba que el personal técnico-profesional proveniente de otros centros se radicaba sólo en forma temporaria, y que los jóvenes patagónicos que emigraban a los grandes núcleos universitarias como Buenos Aires, La Plata y Córdoba, raramente regresaban.

El Instituto funcionó hasta el año 1961 en que se transformó en la Universidad de la Patagonia San Juan Bosco, siendo reconocida como tal por el Poder Ejecutivo Nacional, en Abril de 1963.

Por entonces el carácter de esta Universidad era privado y confesional, dado que surgía del entorno de la congregación salesiana, utilizando la infraestructura del Colegio Salesiano Deán Funes.

Se organizó en dos Escuelas- una de Ciencias, con carreras de Geología, Bioquímica, Farmacia y las Ingenierías, y otra de Humanidades, con carreras de Letras, Historia y Geografía.

En 1967 tuvo lugar la primera colación de grados, y en 1968 se colocó la piedra fundamental y se iniciaron los trabajos en el amplio predio de Km4 donde hoy funciona la Ciudad Universitaria. Esto fue necesario, ya que las instalaciones del Colegio Deán Funes se tornaban insuficientes para una población estudiantil que se acercaba al millar.

Paralelamente, en 1960 un grupo de vecinos del Valle Inferior del Río Chubut fundó una Asociación, cuyo fin principal era crear una Universidad. Las gestiones realizadas condujeron a la creación en 1965, por Ley de la Legislatura de la Provincia del Chubut, del Instituto de Estudios Superiores (IDES), que en 1966 se adscribió) por Convenio a la Universidad Nacional del Sur.

El sostenimiento financiero lo tomó a su cargo la Provincia la apoyatura y fiscalización académica la Universidad Nacional del Sur, siendo conjunta la expedición de Títulos.

Las carreras con que comenzó la vida universitaria en Trelew fueron: Lic. en Matemática, Lic. en Historia, Lic. en Geografía, Lic. en Letras, Contador Público, Ciclo Básico de Ingeniería y dos carreras agropecuarias: ovinotecnia y agricultura.

Al momento de los primeros egresados del IDES, se produjo un nuevo paso en el avance hacia la conformación de un Instituto Autónomo, pues en 1971 se firmó) un nuevo convenio entre la UNS y la Provincia del Chubut, ratificando los términos del anterior y encomendándole al Instituto (ahora IUT, Instituto Universitario Trelew) la creación de un Reglamento propio, acorde con el Estatuto de la Universidad.

En 1972, en Comodoro Rivadavia comenzaron a visualizarse conflictos en el ámbito universitario. El movimiento estudiantil empezó a reclamar por una mejor formación, mayor nivel de exigencia y apertura al diálogo con las autoridades. En relación con esto y en forma coincidente con una política nacional que promovía la creación de nuevas Universidades Nacionales, se gesto en la Ciudad una Comisión Promotora para la creación de una Universidad Nacional.

Finalmente, con fecha 23 de Abril de 1973, se sancionó la Ley 20.296 que estableció la creación de la Universidad Nacional de la Patagonia, la cual se puso en funcionamiento el 4 de Mayo de 1974, siendo su primer Rector

"Evitar las migraciones de jóvenes, futuros protagonistas de la grandeza de la región".

"Contar con recursos humanos de alto nivel de capacitación para explotar la riquezas patagónicas (recursos mineros, marítimos, etc.)".

"Producir la integración regional, nacional y con otros países, especialmente los latinoamericanos, a través de ayuda e intercambios".

Con el fin de evitar la duplicación de carreras, se llegó a un acuerdo entre la nueva Universidad y la Universidad privada.

No obstante, siguió siendo dificultoso congeniar el accionar de ambas Universidades; los dos grupos de alumnos, los que se quedaron y los que migraron a la nueva Universidad, se enfrentaron a dificultades de toda índole.

Por último, ante una situación agravada, en particular en la Universidad San Juan Bosco, se procedió, en 1979 a la fusión por convenio de ambas Instituciones, el cual fue ratificado por el Poder Ejecutivo Nacional. Con esto, el 25 de Febrero de 1980 se sancionó la Ley 22173 de creación de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco, unificando en un solo organismo a la Universidad Nacional de la Patagonia y a la Universidad de la Patagonia San Juan Bosco.

El 25 de Marzo de 1981 tuvo lugar otro hito de interés: seratificó el Convenio celebrado entre el Gobierno de la Provincia del Chubut y la Universidad Nacional  de la Patagonia San Juan Bosco, por el cual la Provincia transfirió a la Universidad el Instituto Universitario de Trelew.

Finalizando esta historia institucional cabe consignar aún otras fechas significativas más recientes: en Noviembre de 1983 se aprobó la creación del Colegio Universitario Patagónico; el 30 de Octubre de 1984 se creó la Sede Ushuaia y el 14 de Diciembre de 1984, la Sede Puerto Madryn.